Chai AI 2025 新版多模态模型 Chai-1:高精度分子结构预测与药物设计方案

2025-06-17| 1305 阅读
Chai AI 2025 新版多模态模型 Chai-1:高精度分子结构预测与药物设计方案

在生物医药领域,精准预测分子结构和高效设计药物一直是研究的核心难题。随着人工智能技术的快速发展,Chai AI 推出的 2025 新版多模态模型 Chai-1 为解决这些问题带来了新的突破。

一、Chai-1 的核心技术优势


Chai-1 作为一款多模态基础模型,具备先进的预测能力。它能够对蛋白质、小分子、DNA、RNA 等生物分子进行统一预测,在多个基准测试中表现出色。与许多需要多序列比对(MSA)的工具不同,Chai-1 可以在单序列模式下运行,同时保持高性能。

在 PoseBusters 基准测试中,Chai-1 的成功率达到了 77%,相比之下,谷歌的 AlphaFold 3 为 76%。在 CASP15 蛋白质单体结构预测中,Chai-1 实现了 0.849 的 Cα LDDT 预测集,优于 ESM3-98B 的 0.801。对于多聚体结构,Chai-1 甚至能够超越 AlphaFold-Multimer。

Chai-1 的模型架构主要基于深度学习神经网络,引入了蛋白质语言模型嵌入,能够捕捉序列中的语法和结构信息。此外,它还支持实验约束输入,如质谱数据或表位图谱信息,进一步提高了结构预测的准确性。

二、在药物设计中的应用


Chai-1 在药物设计领域展现出了巨大的潜力。它擅长预测蛋白质与药物分子(配体)的相互作用结构,帮助研究人员理解药物如何与蛋白质结合,为药物设计提供参考。例如,在抗体 - 抗原相互作用的预测方面,Chai-1 具有极高的准确性,能够帮助研究人员准确预测抗体与抗原的结合模式,促进抗体药物的设计和开发。

Chai-1 还可以从单序列输入中进行高精度的结构预测,无需多序列比对,即使在数据不足或无相关序列信息的情况下,仍能保持优异性能。这对于研究新的疾病靶点或罕见病的药物设计具有重要意义。

三、与其他模型的对比


与 AlphaFold 等现有模型相比,Chai-1 具有明显的优势。AlphaFold 虽然在蛋白质结构预测方面取得了重大突破,但它主要依赖多序列比对,在数据不足的情况下性能会受到影响。而 Chai-1 可以在单序列模式下运行,并且支持多模态输入,能够更好地应对复杂的分子结构预测任务。

此外,Chai-1 在抗体 - 抗原相互作用的预测方面表现更为出色。在测试中,Chai-1 的成功率明显高于 AlphaFold 2.3,即使在没有多序列比对的情况下,也能保持较高的准确性。

四、实际应用案例


Chai-1 已经在实际应用中取得了一些成果。例如,与某头部药企合作,成功实现了对某多次跨膜蛋白的可溶化改造。通过对跨膜疏水区域进行全新设计,构建出能够在水溶液中稳定存在的同时保持胞外区结构和功能特性的跨膜蛋白序列。

在针对 HER2(ECD2/ECD4 表位)及多个内部 / 合作靶点的抗体从头设计任务中,Chai-1 生成的抗体在高通量建库筛选后得到了多个低纳摩尔亲和力、满足结合表位要求、可开发性良好的全抗 / 纳米抗体分子,部分分子已完成动物体内功能验证。

五、未来发展展望


Chai-1 的出现为生物医药领域带来了新的机遇,但它也面临着一些挑战。例如,在预测复杂分子相互作用时,仍需要进一步提高准确性。此外,模型的计算复杂度较高,需要大量的计算资源。

未来,Chai Discovery 团队计划继续优化 Chai-1 的模型,探索添加核酸序列的多序列比对(MSA)来提升核酸结构预测精度,从而进一步拓宽模型的应用场景。同时,他们也将致力于降低模型的计算复杂度,提高其在实际应用中的可行性。

总的来说,Chai-1 是一款具有创新性和实用性的多模态模型,它的出现将为高精度分子结构预测和药物设计提供有力的支持,推动生物医药领域的发展。

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